А ваш журнал оценок (который на отдельном сайте) как наполнялся?
Если в двух словах, то это ведомость в виде таблицы Excel с определенной разметкой, которая при загрузке на сайт конвертируется в html. В ведомости есть колонка с шифром студента, этот же шифр прописывается в профиле студента в Moodle в виде прямой ссылки на сайт. Нажав на ссылку, студент автоматически попадает на страницу с оценками, но видит только свои. Сами ведомости готовят в деканате, одна ведомость на одну группу.