Обнаружил возможную причину - группы курса 
Если пользователь внесен в 2-3 группы в рамках курса, то данные по нему дублируются та же песня и с способами зачисления на курс В тех случаях, где юзер зачислен на курс двумя и более способами, вылазит тема с дублированием В общем надо ковыряться, чистить от лишних групп и забирать у преподов право на создание групп в рамках курса, а то тут нахожу по 30 дублей Так и живем
з.ы. за помощь благодарю!
з.ы. за помощь благодарю!
з.з.ы. у меня что-то около 36 000 000 строк по всему ресурсу, так предварительно по расчетам это если без дублей считать а с ними х5 где-то положил сервак тестовый таким запросом, который дубль основного, но по слабее в плане оборудования