Cavolo 
Ho continuato a smanettare e alla fine ho (in realtà ho creduto di avere) anche risolto.
Non senza strane peripezie...
Nel dubbio (forse tutto mio...) che phpMyAdmin non scrivesse su config.php sono andato a controllare. Qui, mooolto curiosamente, mi sono ritrovato (riga 18) utf8mb4_unicode_ci, ovvero il primo character set che avevo provato a sostituire. Solo che in quel momento da phpMyAdmin avevo impostato utf8_bin. Morale (provvisoria) in qualche momento phpMyAdmin ha pur scritto sul file, ma ora non lo stava facendo.
Di conseguenza... l'ho fatto io
Sono dunque intervenuto manualmente sulla riga 18 del config.php e dove c'era 'dbcollation' => 'utf8mb4_unicode_ci', ho corretto in 'dbcollation' => 'utf8_bin'.
A questo punto tutto funzionava e allora ho pensato bene di fare la stessa cosa sulle altre due istanze (https://ital2.org/m, https://ital2.org/s).
Precisazione: nelle varie prove che ho fatto, sotto Codifica caratteri ho sempre spuntato entrambe, solo la prima o nessuna delle due opzioni sottostanti: Cambia tutte le collazioni delle tabelle / Cambia tutte le collazioni dei campi delle tabelle.
Certo, ora leggendo Matteo mi viene da pensare: niente di strano, che funzioni, ma ci hai perso i molti caratteri in più e tutte le emoji...
Ho continuato a smanettare e alla fine ho (in realtà ho creduto di avere) anche risolto.
Non senza strane peripezie...
Nel dubbio (forse tutto mio...) che phpMyAdmin non scrivesse su config.php sono andato a controllare. Qui, mooolto curiosamente, mi sono ritrovato (riga 18) utf8mb4_unicode_ci, ovvero il primo character set che avevo provato a sostituire. Solo che in quel momento da phpMyAdmin avevo impostato utf8_bin. Morale (provvisoria) in qualche momento phpMyAdmin ha pur scritto sul file, ma ora non lo stava facendo.
Di conseguenza... l'ho fatto io
Sono dunque intervenuto manualmente sulla riga 18 del config.php e dove c'era 'dbcollation' => 'utf8mb4_unicode_ci', ho corretto in 'dbcollation' => 'utf8_bin'.
A questo punto tutto funzionava e allora ho pensato bene di fare la stessa cosa sulle altre due istanze (https://ital2.org/m, https://ital2.org/s).
Precisazione: nelle varie prove che ho fatto, sotto Codifica caratteri ho sempre spuntato entrambe, solo la prima o nessuna delle due opzioni sottostanti: Cambia tutte le collazioni delle tabelle / Cambia tutte le collazioni dei campi delle tabelle.
Certo, ora leggendo Matteo mi viene da pensare: niente di strano, che funzioni, ma ci hai perso i molti caratteri in più e tutte le emoji...
Rifarei anche altre prove (appena riavrò un po' di tempo) da phpMyAdmin, ma allora non mi è chiaro che cosa dovrei fare, di preciso, ovvero al di là di provare tutte le combinazioni (la prima, entrambe o nessuna tra Cambia tutte le collazioni delle tabelle e Cambia tutte le collazioni dei campi delle tabelle).
Per inciso, ricordo che quando feci l'upgrade alla 3.9 misi la spunta a entrambe queste opzioni.
Forse che la Collation va cambiata da un'altra parte?
Peccato non poter continuare ora...
PS. In effetti io credevo di cambiare la Collation ma intervenivo su Codifica caratteri:
