Buenos días.
No hay ninguna configuración adicional ni hay que hacer nada diferente si se trata de un subdominio. Yo tengo instalaciones de los dos tipos y en Moodle no hay que configurar nada de forma distinta. Tal vez se trate de algún detalle de la configuración de Apache, pero no de Moodle.
Te sugiero re-apliques los permisos de acceso a las carpetas "moodle" y "moodledata" (como tú hayas llamado a cada una) y todas las subcarpetas que dependen de ellas.
No hay ninguna configuración adicional ni hay que hacer nada diferente si se trata de un subdominio. Yo tengo instalaciones de los dos tipos y en Moodle no hay que configurar nada de forma distinta. Tal vez se trate de algún detalle de la configuración de Apache, pero no de Moodle.
Te sugiero re-apliques los permisos de acceso a las carpetas "moodle" y "moodledata" (como tú hayas llamado a cada una) y todas las subcarpetas que dependen de ellas.