Hola, soy Jose Luis no Jorge Luis, pero no importa 
Si en tu plataforma está todo correcto, no hay avisos de ningún tipo de problemas ni incompatibilidades (puedes revisar Administracion del sitio > Servidor > Entorno), y la versión del Tema que instalas está verificada para la versión de tu Moodle, todo debe funcionar sin problemas.
Pero haces bien en ser prudente, sobre todo si no tienes experiencia en ese tipo de cambios. Si todavía no lo tienes, te sugiero disponer de un segundo Moodle "de pruebas", en el mismo entorno, mismas versiones de PHP, MySQL (o lo que uses en tu caso), igual versión de Moodle, etc. Ahí podrás experimentar con Temas u otro tipo de extensiones, para después repetirlo con más confianza en tu instalación real.
Sobre lo de aplicar diferentes Temas en un Moodle: en la página principal se aplica el Tema "por defecto" que tengas activo, pero luego puedes aplicar otros Temas diferentes (instalados en tu Moodle) bien a un curso u otro, o bien a toda una categoría de cursos, etc. Poder hacerlo o no, depende de los ajustes de configuración del sitio.
Saludos