Например, так. Итоговую оценку за курс вы рассчитываете как средневзвешенную двух категорий, которые берутся с весами 98 и 2, причем без учета пустых оценок. Вручную надо только проверить, что в группе, которая обязана была выполнить те 2 задания, эту работу никто не проигнорировал. Если такие найдутся, им за эту категорию нужно поставить непустую оценку ноль.
Только, похоже, вы сейчас сформулировали уже другую задачу, где выбор лучшей оценки уже не требуется.