Nuevos Módulos, Apariencia y Personalización

Hola, Camilo.
Podrías crear una categoría de cursos para cada empresa, y a cada una de esas categorías asignar un "Theme" (aspecto visual) diferente.
La página principal de tu sitio, la del "Área personal" y algunas otras, serían igual para todos los usuarios (da igual la empresa) pero una vez dentro de cada curso, ya se verían diferentes.
Esa opción de "Permitir temas por categorías" se habilita aquí: Administración del sitio > Apariencia > Temas > Ajustes de temas

Saludos