lamentablemente, uno de los requisitos para el correcto funcionamiento de Moodle, es tener el SAFE MODE de php desactivado. En la documentación lo explica: http://moodle.org/doc/?file=install.html#requirements
En el caso de que puedas configurar el servidor web como tú quieras, seguramente está discusión te resultará de utilidad: http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=3351
Por último, si utilizas algún hosting comercial y no puedes modificarlo tú, deberías ponerte en contacto con ellos para ver si pueden solucionar el problema desactivando el SAFE MODE. Si no es así, mucho me temo que tendrás que buscar otro servicio de hosting que no tenga activada la "maldita" opción de php.
Ciao,