Saludos
En cada cambio de version hay pequeños o grandes cambios de acuerdo a la fecha del versionado, estos cambios en ocasiones incluyen modificaciones a nivel base de datos, se modifican campos o se agregan para alcanzar una mejor funcionalidad.
al cambiar de la 3.1 a la 3.6 están omitiendo esos cambios por lo cual al intentar actualizar lo as probable es que no se pueda realizar ya que la compatibilidad no es la misma
AL recomendación es deja funcionando la 3.1 como antes y después procede a realizar las actualizaciones de acuerdo al ordenen
DE preferencia utiliza un respaldo de la base 3.1 sin tocar para comenzar con los cambios
Cuéntanos como te va