Hola Cesar,
Yo he encontrado este mismo mensaje con MariaDB y el problema pueda ser el ajuste del controlador ("driver") en el config.php.
Quizás esté usando el de mysqli sino el de mariadb. Funciona el sitio así muy bien, pero Moodle se aturde por la mezcla de las versiones distintas de Maria y MySQL y se lo echa este aviso. Moodle (es decir el controlador de mysqli) no lo comprende que Mariadb 10.2 es más nuevo que MySQL 5.5.
Para arreglarlo las detalles están aquí (página en inglés) https://docs.moodle.org/31/en/MariaDB
Saludos,
Randy