Читайте тут: https://docs.mathjax.org/en/latest/start.html#installing-your-own-copy-of-mathjax
вопрос что будет при обновлении? есть ли патч в котором можно этот момент учесть при обновлении?
А что может быть при обновлении? Положите mathjax вне Мудл, но чтоб веб-сервер имел туда доступ. И обновляйте себе Мудл в любое время, mathjax останется на месте.
Если использовать для обновления Мудл GIT-репозиторий, то mathjax можно и в каталог Мудл положить, и прописать его в .gitignore. Тоже никакой патч не нужен.