Isso acontece por vários problemas.
Posso citar alguns principais:
- Servidor muito pequeno pelo número de acessos;
- Disco lento de leitura;
- Pouca memória no servidor;
- Banco de dados não otimizado para Moodle;
Dê uma lida em https://moodle.eduardokraus.com/moodlemoot-2015-2 que pode ajudar