Muchas gracias Jose Luis por tu respuesta.
He estado revisando lo que me comentas, y tenemos lo siguiente:
Administración del sitio > Extensiones > Logging > Log estándar > "Mantener registros para ..."
Nunca borrar los registros.
Administración del sitio > Características avanzadas > "Eliminar las notificaciones ya leídas"
¿Este ultimo punto ha sido el conflictivo?, por otro lado hemos eliminado la opción cleanup_task en el cron por si acaso.
Gracias.