Hola Bigmsar. Compartir servidor, es tan sencillo como localizar cada moodle en su carpeta o directorio, y configurar sus respectivos moodledata (cambiandoles el nombre para cada uno).
Una estructura correcta, seria:
Moodledata1
Moodledata2
Moodledata3
..........« Raiz del servidor»......(/)
Moodle1
Moodle2
Moodle3
Hay administradores que instalan moodledata dentro de www, pero se advierte que una mala configuración de permisos, podria facilitar el acceso o lo que es peor ejecutar codigo desde esa carpeta o direcctorio.
Como entiendo que vas a migrar, tendras que subir, la base de datos, moodledata y moodle y como comentaste, configurar correctamente config.php.
Normalmente al iniciar moodle tras la migracion, solicitara actualizar la base de datos, aceptas y a esperar un ratito...
Despues, y desde la gestion de dominios, deberías tener un sistema de gestión de dns, o redirección, para «apuntar» desde cada nombre de dominio a la carpeta moodle(1,2,3), o la que corresponda.
A tener en cuenta la amplia y excelente informacion disponible en este sitio, para llevar.a buen puerto la migracion.
Un saludo.