Hola de nuevo, Lucía.
Como ya te ha comentado Fernando en otro mensaje, para personalizar un Tema hay que acceder con permisos de Administrador. En ese caso, si tu eres la única que va a utilizar ese Tema en sus cursos, pues sí ... podrías "convencer" a la persona que tiene esos permisos de que lo personalice a tu gusto, claro.
De todas formas, sobre el punto 3 te adelanto que "tunear" un Tema no afecta mucho (o nada) a la organización y estructura interna del curso. Es decir, que si lo que se incluye en un curso son simplemente documentos y entrega de Tareas, pues seguirá siendo lo mismo con un Tema u otro.
Por eso te decía en el mensaje anterior que hay muchas posibilidades al alcance de los profesores/editores sin entrar a modificar Temas. Por ejemplo, te adjunto una imagen de la "plantilla" estándar que nos sirve para crear nuevos cursos. Tiene un formato "por temas", una sección por página, los temas se van abriendo cuando llega el momento adecuado, etc.
Está claro que a partir de ahí, se quita o se pone lo que haga falta. Se pueden cambiar las imágenes o colores de cabecera de cada sección, los bloques laterales, etc.
Otros cursos tienen otro aspecto totalmente diferente, claro (pero con el mismo Tema global de la platarforma).
Un saludo.