Hola Nando,
No sé si existe una forma mejor pero, a bote pronto, yo haría una copia de seguridad de la carpeta 'moodle', 'moodledata' y Base de Datos y las renombraría con, por ejemplo, "curso_17-18", "curso_17-18_data" + su Base de Datos correspondiente "curso_17-18.sql"
Así con cada curso... (curso_18-19...), (curso_19-20...), etc.
Si en algún momento tengo que consultar alguno, tendría una máquina local que podría estar virtualizada, con las versiones de PHP correspondientes y la versión del servidor de base de datos adecuado para restaurar la copia (siempre manteniendo resguardadas las copias principales, por supuesto) y llevar a cabo la consulta necesaria el tiempo que sea necesario.
Luego se eliminaría (si es necesario) el servidor virtual y, hasta la consulta siguiente...
Saludos,
JP