Si solo se ejecuta el cron una vez al día, tu sitio Moodle no va a funcionar demasiado bien.
Hay muchas funciones de Moodle que se van procesando a lo largo del tiempo, repartidas a lo largo de las horas. Para no sobrecargar a los servidores, no se repiten cada vez que se ejecuta el cron, así que el funcionamiento correcto (y recomendado) es que el cron se lance varias veces en una hora (cada 10 o 15 minutos, tal vez 30 min. ...)
Saludos.