Olá Fábio,
Nesse modelo de gestão, eu indicaria fazer administração desses módulos em um mesmo curso. Isto é, em um único curso no Moodle. Basta você separar por tópicos ou semanas de aulas (intervalo de data) para incluir dada conteúdo (material instrucional).
É até mais fácil fazer a gestão das notas com esses módulos e gerar um certificado único.
Acredito que é um curso de curta duração (curso de extensão, curso rápido). Sendo uma graduação ou pós (longa duração), indicaria criar esses módulos nos cursos e o curso como categoria no Moodle.