Se ho capito correttamente vuoi suddividere gli N utenti di un corso creando K copie del corso in cui inserire in ciascuno N/K utenti, mantenendo però la storia e il pregresso degli studenti...
Non credo che la cosa si possa fare con gli strumenti che moodle mette normalmente a disposizione; con questo non significa che sia impossibile, ma l'unico modo è interagire direttamente sul database andando a modificare a mano l'ambiente, con tutto ciò che questa strategia impone: complesso, conoscenza approfondita di come funziona moodle e tutti i tipi di risorsa/attività utilizzati nel corso in questione, per effettuare il cambio di corso.
In passato ho effettuato con successo la migrazione dei dati da un utente ad un altro (es. studente che cambia credenziali) ma è oggettivamente più semplice.