Bonjour Benoit,
Si tu limites le nombre de sauvegardes uniquement aux deux dernières versions des cours modifiés, ton dossier de sauvegardes ne risque guère d'exploser.
Pas besoin de compliquer inutilement.
D'autant que ton hébergeur sauvegarde tout quotidiennement.
En plus si tu décides, parce que c'est plus pratique, de désigner ce dossier comme un dépôt "système de fichiers" (caché pour les utilisateurs) tu pourras, en cas de crash complet, récupérer les cours à restaurer directement depuis Moodle sans passer par la zone de sauvegarde du cours en défaut.
Un administrateur "purement Moodle" n'a même plus besoin de s'aventurer dans l'arborescence pour récupérer les sauvegardes.
C'est la méthode que j'utilise depuis longtemps, y compris dans mes MoodleBox.