Столкнулись с такой-же проблемой. Решили воспользоваться "костылем".
Предложенный вариант работает только при записи через Управление курсом-Пользователи-Способы зачисления на курс. И уже на этой странице нажать кнопку записи пользователей у способа зачисления вручную.
Для варианта записи, который показан на первом скриншоте, надо править файл /enrol/locallib.php. Функция get_potential_users. Строки 451-566. Так же в запросе надо добавить
$sql = " FROM {user} uЕще одно место с такой же проблемой - добавление участников в глобальную группу.
LEFT JOIN {user_enrolments} ue ON (ue.userid = u.id AND ue.enrolid = :enrolid)
WHERE $wherecondition
AND ue.id IS NULL
AND u.suspended = 0";
Для этого правим файл /cohort/locallib.php, функция find_users, строки 56-58.
Вдруг кому-то пригодится.