Hola Francisco,
Imagino que la instalación que pretendes llevar a cabo no es solo para hacer pruebas sino para ponerla en producción, ya que lo vas a hacer sobre una versión 'server'.
Por tanto te remito a la documentación de Moodle acerca de la instalación y te recuerdo la parte del entorno donde dice: "Si Usted solamente desea probar Moodle en una computadora personal independiente, existen paquetes instaladores de 'un-click' para Windows (vea Paquetes para Instalación Completa para Windows) y para OSX (vea Paquete de Instalación para OS X o install on OS X). Estos son inapropiados para servidores de producción."
El documento lo tienes aquí: https://docs.moodle.org/all/es/Instalación_de_Moodle
Por tanto, es complicado determinar el motivo por el que la instalación que estás intentando no se lleva a cabo de forma normal.
Para entornos de producción, además de la advertencia de Moodle, te recomiendo Ubuntu Server 16.04 LTS. Como administrador web, podrías usar Webmin.
Saludos,
JP