Si el archivo era un recurso publico y se esconde pero el alumno tiene la URL seguramente se lo podrá descargar de nuevo. No seria un problema grave ya que anteriormente han podido acceder y obtener la URL. El problema seria que desde fuera lo udieran hacer sin acceder al sitio.
De todas formas seria importante saber que versión de moodle usan ya que en cada versión se actualiza la seguridad, especialmente la de ese tipo.