Buenas tardes:
Como te comenta Iñaki Arenaza puede ser muchos los factores. Uno de las más habituales que el usuario de MySQL no tenga los permisos para crear tablas temporales sobre la base de datos de Moodle o que la migración de 1.9 a 2.5 no se haya completado.
¿El nuevo directorio moodledata/filedir se ha creado correctamente con todos las carpetas y archivos que existían en Moodle 1.9? ¿Te generó algún mensaje de error el proceso?
Es probable que la migración de 1.9 a 2.5 no se haya realizado completamente.
Si te es posible simula antes la migración con una copia de tu sitio antes de hacerlo en producción. Una solución rápida es usar Bitnami (en Linux, Windows o en Mac) te permite montar rápidamente instalaciones de cualquier software (incluyendo Moodle) y permite recrear como sería el proceso de actualización.
https://bitnami.com/stack/moodle/virtual-machine
https://bitnami.com/stack/moodle/installer
Instalas la máquina virtual o el instalador y simulas el proceso con los datos del aula Moodle que quieras actualizar.
Actualización a Moodle 2 de 1.9:
- Reviso si el usuario de MySQL tiene permisos para trabajar con tablas temporales ya que se necesita para la copia y restauración de cursos.
- En la base de datos reviso si la tabla mdl_backup_log ocupa muchos MB y limpio el contenido ya que sólo guarda el registro de las copias de seguridad.
En versiones posteriores se añaden en la Administración opciones para que se eliminen los registros cada cierto tiempo. Así te ahorras tiempo de ejecución/conversión de datos. En alguna ocasión ha llegado a varios GB el tamaño de la tabla.
- Actualizo el aula 1.9 a la última versión 1.9.19+
Compruebo si las extensiones (módulos, plugins, etc.) de terceros tienen la última versión.
Muevo todo el contenido del software Moodle 1.9 (excepto .htaccess y config.php) a una carpeta.
Descargo la versión 2.0.10 de https://download.moodle.org/releases/legacy/ y descomprimo, copio a la raíz el contenido y realizo el proceso de actualización.
Si la base de datos es muy grande lo aconsejable es realizar la actualización por consola https://docs.moodle.org/33/en/Administration_via_command_line en lugar de hacerlo por navegador Web.
Después de la actualización hay que convertir las tablas MyISAN a InnoDB. También se recomienda hacerlo con los contenidos a utf8_unicode_ci. En Moodle 3.4 si no recuerdo mal necesita utf8mb4_unicode. Estos pasos son obligatorios.
En 2.0 también hay que realizar la conversión de tareas y preguntas al nuevo motor usado (cambia respecto de la 1.9). Este proceso no lo realiza directamente la actualización y debes hacerlo manualmente en la Administración del sitio para finalizarlo (aparecen un par de opciones para ello justo al final del menú de Administración).
Motor de Ayuda para actualizar Tareas
Motor de Ayuda para actualizar Preguntas
en /admin/tool/assignmentupgrade/index.php si no recuerdo mal.
Aunque la documentación de Moodle indica que 1.x -> 1.9.19+ -> 2.2.11 -> 2.7.20 -> 3.0.10 -> 3.4 prefiero realizar las actualizaciones de rama en rama en lugar de saltar entre ellas, sobre todo si tienes extensiones no estándares de Moodle como módulos, plugins, bloques, etc. de terceros. De paso se va actualizando el resto de extensiones con las correspondientes a cada versión. Cierto que es más entretenido pero lo veo más seguro. Sólo es una opinión personal.
No sé si será tu caso pero en una ocasión nos pasó al actualizar a ramas superiores desde 1.9 y y tuvimos que realizar un cambio en el fichero de configuración de MySQL como indican aquí https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=164025
my.cnf de MySql en la sección [mysqld] hay que insertar la línea
binlog_format = 'MIXED'
no se nos ha vuelto a dar el caso ya que era en un motor de MySQL antiguo.
+info
https://docs.moodle.org/all/es/Actualizaci%C3%B3n_FAQ
https://docs.moodle.org/34/en/Converting_your_MySQL_database_to_UTF8
https://docs.moodle.org/20/en/Upgrading_to_Moodle_2.0
Un saludo.