Hola Javier,
Aquí tienes la documentación Moodle acerca de la actualización: https://docs.moodle.org/all/es/31/Actualización_de_moodle
Moodle tiene un sitio específico donde se puede acceder a toda su documentación, organizada por versiones. Es este: https://docs.moodle.org/31/en/Main_page
Pero, con una búsqueda en Google, "actualizar moodle 3.1" la encuentras fácilmente.
En cuanto a tu segunda pregunta, no conozco algo así y quizá sea difícil que exista ya que los temas son independientes unos de otros y permiten poner los diferentes recursos en diversos sitios.
Si estás modificando un tema específico, quizá sería mejor revisar la documentación de ese tema para modificarlo de forma más fácil.
Saludos
JP