Olá, André
originalmente, as funções que trabalham com banco de dados são agrupadas nos arquivos "lib.php" ou "locallib.php".
Depois de um tempo, o pessoal começou a criar as classes dentro de namespaces para cada plugin, por exemplo "moodle/enrol/paypal/classes/util.php".
Mais recentemente o pessoal do Moodle implementou uma API chamada Persistent. A idéia é que ela seja um ORM, mais ou menos inspirado no ActiveRecord, para o Moodle. Você pode ler mais sobre isso no link abaixo:
https://docs.moodle.org/dev/Persistent
Mas isso é uma coisa nova, então o jeito mais fácil de você ver o que tem no código atualmente é olhar os locallib , lib, classes, esses arquivos. Fazer uns "grep" por "SELECT FROM" ou "JOIN", também procurar as chamadas do objeto global $DB , que fazem a comunicação com o banco de dados.