Hola !!!
Por que no instalas una versión no tan superior (2.7 por ejemplo) de moodle en una pc y ahí restauras el curso que deseas (2.1), esto es para ver si tu paquete esta bien hecho, en caso de que no te ocasione problemas restaurándolo en la versión de moodle que le pongas a la pc, entonces creas un nuevo paquete con la versión que le instalaste a tu pc (2.7 por ejemplo) y la restauras en tu versión de moodle que quieres (3.3.1).
Cuéntanos como te fue
Saludos.