Непонятно, что вы имеете в виду под мартышкиным трудом. Раз вы сильны в разработке, что можете разрабатывать свои модули, то одна неделя вашей работы по интеграции систем приведет к тому, что сотни преподавателей потом смогут не вводить дублирующую информацию в разные системы. Другое дело, как такое дело спроектировать, чтобы после реализации не нужно было работать Вам, а работали только преподаватели.
Теперь смотрите. Разрабатывать на moodle - очень трудоёмкая задача. У меня, например, на разработку чего-то в moodle уйдёт в 10 раз больше времени, чем на другой платформе, на которой я обычно разрабатываю. Хотя я уже много лет разрабатываю для moodle. А всё дело в том, что каждый раз когда пишешь какую-то строку кода в moodle (пусть это даже будет вывести таблицу или форму на экран), приходится просматривать кучу кода в moodle и читать море документации, чтобы понять, как нужно делать правильно, чтобы модуль не перестал работать в следующей версии. Плюс все-равно, каждые несколько версий могут вылезать какие-то косяки, например, с внешнем видом при переходе на тему boost или с тем, что в каждой новой версии php возникает всё больше предупреждений по коду.
Поэтому быстро разработать свою простую систему для решения задачи зачётки для деканата и потом не дорабатывать эту систему гораздо разумнее. Используя для обмена данными API moodle, которые точно будут стабильны, Вы избавите себя от головной боли при каждом обновлении. Кроме того, если в деканате используется своё решение для автоматизации (ну или будет использоваться, к этому все рано или поздно приходят), то всё равно деканат захочет работать только в своей системе, потому что moodle им по сути будет не нужен. Опять же Вам все-равно придется решать задачу по отбору данных из moodle в эту систему, а так эта задача у Вас уже будет решена.
Есть целые решения, когда на основе данных из внешней системы-деканата в moodle создаётся структура курсов, забираются оценки и т.п.
Кстати, делая своё решение на moodle, сразу подумайте, как вы будете решать проблему неизменности оценок. Ведь спустя какое-то время преподаватель может взять и поменять оценку студенту в moodle, тогда в moodle будет одна оценка, а в карточке студента в деканате и в зачётке - другая. В любых электронных деканатах такое может быть сделано только с ведома сотрудника деканата, который должен создать экзаменационную ведомость, но в moodle для решения этой проблемы вам придется городить отдельный огород