фильтр не применяется к содержимому шаблона
Имеются в виду поля БД, в настройках которых установлена галка «Разрешить автосвязывание»?
3.1.3 нет под рукой, но проверил в версии 3.1.4+ (Build: 20170112) - всё работает нормально.
есть БД с литературой, где в полях «ID» и «Наименование издания» включено автосвязывание:
Так это работает в курсе:
Какая точно 3.1.3 установлена? Найду эту версию и проверю ещё в ней.