Problème résolu !!!, du moins en partie, en fouillant un peut (beaucoup...), entre un alert("lardon"); et autres joyeuseté trouvé dans le code existant, j'ai trouver un appel a une $(..).unload() de jQuery dans le code existant qui fonctionnait sous moodle 2.8 dans la mesure ou il utilisait une version antérieur de jQuery. Moodle 3.3 utilise jQuery 3.1 où cette fonction est supprimé.
J'ai toujours le message disant que JS est désactive, mais le scorm se charge par dessus.