Hola, busca en el foro que hace un tiempo alguien pedia lo mismo, y le hice unas modificaciones al mod_certificate para registrar cuando un alumno lo descargaba..
Como te comento, buscalo que en el foro esta puesto
Un saludo
Hola !!
Te comento en la configuración de certificado tienes que elegir guardar certificados y también si los quieres con código de referencia para que al buscarlos te sean mas fácil de encontrar, en la página de plugins hay uno que te ayuda descargar todos los certificados sin necesidad de entrar a cada curso.
https://moodle.org/plugins/?q=
Saludos!!!