Hola Alejandro!
Con qué versión de Moodle trabajas? Es posible vincular competencias a cursos en Moodle 3.2, pero no lo encontrarás en 'Administración del curso' sino en 'Cursos > [nombre del curso] > Competencias.
Entrando aquí tienes acceso a todos los marcos de competencias disponibles a nivel de sistema. Cliqueando en 'Agregar una competencia al curso' debería mostrar el selector de competencias.
Si no aparece, puede que los marcos de competencias hechos en tu Moodle no estén a nivel sistema, sino en otra categoría que el curso. Además, primero hay que agregar las competencias al curso antes de poder agregarlas a una o más actividades.