Ciao Emanuele,
riporto qui la URL del thread citato: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=346336.
Detto questo, quanto ci mostri avviene quando le pagine di Moodle sono chiamate con una URL diversa, come base path, da quella indicata nel file config.php.
E' quindi molto strano che ti accada solo quando vengano erogati corsi SCORM a meno che il file imsmanifest.xml abbia URL assolute e non relative, come da specifica.
Puoi condividere qui il file manifest (non l'intero package SCORM)?
HTH,
Matteo