При отправке число существующих сообщений роли не играет. Используемый почтовый сервер, наверное, долго обрабатывает почту.
А вот при выборе сообщений страница может грузиться долго из-за большого кол-ва сообщений, т. к. идет выборка из базы данных. Может, из-за низкой производительности сервера БД, может слишком много сообщений. Вы же не говорите точное кол-во.
А как может аукнуться чистка таблиц mdl_message, mdl_message_read, mdl_message_working? Пользователи просто не будут видеть старые сообщения.