Le plus simple serait de lancer un test comparatif avec des outils comme CristalDiskMark ou sous linux avec :
dd if=/dev/zero of=tempfile bs=1K count=1024
Le test ci dessus génère 1024 fichiers de 1Ko. Il faut déterminer dans un premier temps si c'est la vitesse d'écriture qui pose soucis sur la totalité du disque. Si ce n'est pas le cas, c'est bien que le dossier temporaire de votre Moodle qui pose soucis.