Запрещать и скрывать только то, что действительно необходимо, ИМХО.
У нас тоже много категорий, ну зайдёт архитектор в категорию к экономистам, а экономист в раздел с КПК - и что? Иногда они даже полезные для себя курсы находят и просят их зачислить.
Тем более, что полного запрета у Вас не получилось - по прямой ссылке-то они всё равно могут зайти в категорию - не?
Но если хочется сложностей...
Создайте курс для каждой категории, поместите в них ссылки на все курсы категории (можно через Субкурс), и зачисляйте на эти курсы кого надо.