Добрый
Вот пхп инфо
С таким инфо выше 2.6.11 версии moodle вы не установите, т. к. MySQL 5.1.73
А судя по «yui_3_17_2_1» пытаетесь устанавливать что-то из 2.8-3.0, кот. нужно MySQL 5.5.31 и выше.
Стоит VPS, может я что в настройках сервака упустил?
Всё ПО сами устанавливали и настраивали? Так обновите PHP+MySQL и повысьте лимиты памяти, время на скрипты и т. д.