Hola Jesús,
respecto a lo que comentas de la tabla mdl_sesion, esta en escenarios concurrentes puede ser una de las tablas que generan mas cuellos de botella en Moodle, al menos en la versión que uso con 40,000+ usuarios que es la 2.5.9.
Lo que sucede en realidad es que si el cron.php no se encuentra corriendo de forma regular, los registros en la tabla mdl_session se acumulan siendo muy difícil recuperar registros durante tráfico altamente concurrente en el sitio.
En mi experiencia y por las características del lugar donde trabajo, el tráfico y comportamiento del usuario estresa mucho las tablas mdl_log mdl_session y la de la actividad que tenga mas concurrencia en cuestión, por ejemplo mdl_quiz y mdl_quiz attemps.
Algo que podría ser de utilidad a parte de mantener el cron al día(mas vale revisarlo), es comenzar a utilizar alguna capa intermedia para hacer caching de la base de datos como memcached.
https://docs.moodle.org/28/en/Caching#Memcached
Saludos