Hola
Yo he respaldado en UBUNTU, la base de datos entera con los siguientes comandos:
mysqldump -u root -p TUmoodle > moodleRespaldo.sql
El comando de arriba es para hacer un archivo que contiene toda la base de datos de moodle y el comando de arriba es suponiendo que la base se dañó o se perdió, etc. creas una nueva base de datos y de ahí la llenas con el respaldo.
mysql -u root -p baseDeMoodleNueva < moodleRespaldo.sql
Y de los cursos la manera mas sencilla es respaldar todo tu moodleData, dentro de moodleData hay forlders que contienen los cursos y los nombres de los folders son los id de los cursos, pero te recomiendo que respaldes todo el moodle data:
sudo mkdir moodleDataRespaldo
sudo rsync -vrh /var/www/moodleData /var/www/moodleDataRespaldo/Lo zipeas y lo descargas y listo tienes tus respaldos