Hola
Git es una herramienta muy potente, pero me temo que no es apta para usuarios nóveles, requiere conocimientos de consola Linux y aprender los comandos correctos. En la red hay muchos recursos para aprender el manejo de Git, un error en el uso de la herramienta puede ser bastante delicado, por lo que se recomienda familiarizarse primero con la misma.
En tu caso, el paquete descomprimido de Moodle 2.6.11 'pesa' unos 134 Mb, es posible que lo hayas clonado varias veces en vez de una sola. Resumiendo, si te dedicas a la administración de muchos sitios, te puede resultar interesante hacerlo con Git, porque simplifica las tareas de mantenimiento. Pero si sólo vas a mantener tus sitios personales, el tiempo necesario para aprender el correcto funcionamiento del entorno Git puede superar con mucho el que precisas para mantenerlo actualizado por FTP, por ejemplo.
Un saludo