Olá Regiane tudo bem?
Creio que você esteja se referindo aos links internos configurados em editores de texto do Moodle, certo? Por exemplo um link que esteja na descrição de uma atividade, ou em um rótulo, ou mesmo no Módulo livro etc.
Esses links ficam armazenados em registros dentro das tabelas Moodle, ao mudar o config.php você altera o roteamento do site para os links dinâmicos do Moodle, e não funciona para esses registros fixos/absolutos gravados na base de dados.
Será preciso rodar um script que entre no banco de dados e substitua todas as URLs antigas pela nova.
Utilize essa ferramenta do seu Moodle, pela web mesmo: http://enderecodoseumoodle/admin/tool/replace/index.php
Qualquer dúvida posta aqui.
Grande abraço
Helbert dos Santos 
