А как вы upgrade проделали? Резервные копии со старого Мудл в новый втягиваете?
Лучше сделайте полный апгрейд сайта. Т.е. сохраняете копии базы, папки moodledata и пробуете. Сперва лучше пробовать локально. Убедившись, что результат вас устраивает, проводит upgrade на сервере.
С резервными копиями иногда такая мутотень непонятная. Довелось как-то, по запросу от одной конторы, их курсы 1.x восстанавливать в новую систему. Такого натерпелся... Например, в лекциях были какие-то "висящие" непонятно где странички. Т.е., проходя лекцию, студент на них вроде как попадает (да и то не на все и коряво), а как переключаешься в режим редактирования - нет этих страниц!
Так что даже после апгрейда не помешает вручную пройтись по курсу, чтобы таких непоняток не было.
Кстати, так и не понял отчего такая байда была. Но там контора вообще "сурьезная" была. Они свои курсы делали в локальном Мудл, которая изначально была для USB и очень древняя. От этого вероятно.