A simple vista pareciera ser un problema de que no está cargando correctamente los CSS.
¿Están completos los archivos del tema que estás usando?
Pareciera ser Moodle 1.9 así que debe tener también dentro de la carpeta "theme" la carpeta "base". Si no la tiene, es probable que por ello se vea desalineado.
Ojalá de algo te sirva esto.
¡Saludos!
Problemas Generales
Mi moodle se ve desalineado
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