Para isso, você precisa desmarcar o campo "Agregar somente notas dadas" em notas > categorias e itens > visão completa.
Não sei qual a finalidade de atribuir a nota zero. Mas caso tenha a ver com agregação (soma/divisão/média), você pode agregar somente as notas dadas. Ou seja, se o aluno de fato não fez a atividade, seja ela qual for, o moodle pode considera-la como zero, sem que você atribua a nota.