Мы пошли с другой стороны - Moodle используем только как систему обучения, а на всё остальное взяли 1С-Университет и допиливаем его сопряжение с Moodle.
С Mahara обсуждали ситуацию здесь: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=89718&parent=1121116 Скорее всего использовать не будем.
Во что упёрлись: в долги студентов по учёбе - версия Moodle 2.5. Если студент сдавал задания, тесты и т.п., то итоговая оценка формируется за курс. Но есть ситуация, когда студент не сдавал в курсе ничего, тогда итоговой оценки нет. Никак не могу найти настройки, чтобы если студент приписан к курсу (неважно каким способом), то итоговая оценка выставлялась всегда.
Правда, по 1С-Университет: забить там учебный план - задача для стойких духом. Хорошо импортирует данные из Шахтинской программы, но - для очки, если брать шахтинские планы для заочки, то они не импортируются. Предполагаем, что косяк в следующем - для очных планов в шахтинской проге идет сквозная нумерация семестров, а для заочки они сделали 1 курс 1-й, 2-й семестр, 2-й курс 1-й, 2-й семестр и т.д.