Начните с того, что включите отладку и вывод отладочных сообщений. Тогда кроме ошибки будет сам некорректный запрос, а также номера строк файлов, из которых он был вызван.
По ним уже можно будет сделать хоть какие-то выводы. Если думаете, что дело в max_allowed_packets, то попробуйте несколько разных файлов загружать. Если дело в этом параметре, то ошибка может выскакивать в разных местах, в зависимости от того, в какой момент оказался превышен передел числа запросов. Если всё время в одном и том же месте, возможно дело не в этом параметре.
Может у вас беда с 11 вопросом, попробуйте убрать первые 10 вопросов из файла, и снова загрузить. Если будет на первом ошибка, значит нужно искать причины в конкретном вопросе.