Ďakujem za pomoc.
Nakoniec to bolo v tom, že som Moodle.zip najprv rozbalil na domácom PC a následne kopíroval na Server jednotlivé súbory a adresáre.
Po tom, ako som začal od začiatku tak, že som Moodle.zip rozbalil na serveri, už všetko ide bez problémov.