To je jednoduché. V Moodle verze 1.x jsou soubory součástí kurzu, nikoliv konkrétních modulů činností (aktivit). Jeden a tentýž soubor může být použit ve Studijním materiálu, v Knize a třeba i ve fóru. Můžete na něj dokonce odkazovat z jiné webové stránky. Při záloze proto Moodle nemůže rozhodnout, které soubory jsou potřeba a které ne a proto zálohuje všechny nebo žádné.
V Moodle 2.0 se toto mění. Soubory kurzu již vůbec nejsou a každý modul si udržuje informaci jen o svých souborech. Zároveň však pokud je identický soubor použit na několika místech a klidně i pod jinými názvy, je fyzicky na disku uložen pouze jednou (díky mechanismu Content-addressable storage). To znamená, že v Moodle 2.0 můžete například kopírovat kurz plný video souborů, ale na disku vám pořád zůstanou uloženy jen jednou. V současné verzi se vám identické soubory na disku množí.
U toho automatického přepisu URL při obnově jsou známy některé zádrhele. Byl ten obrázek vložen pomocí wysiwyg editoru? Kam byl vložen? (do bloku, do studijního materiálu, ...). Jak ta jeho URL vypadá a jaká byla adresa Moodlu, odkud jste ten kurz bral?