Estaba investigando un poco en la web, cito al compañero Diego Maté Cuñado con un post del 22 de noviembre de 2011, espero les sea de ayuda a quienes tengan dudas con los directorios del moodledata:
"Las rutas de los archivos subidos a moodle 2.0 y posteriores versiones, se encuentran en la tabla mdl_files, en el campo contenthash y el nombre & extensión del mismo en el campo filename
El lugar "físico" donde se guardan es la carpeta filedir presente en la capeta moodledata
Por tanto para poder localizar el un archivo en cuestión, tendrás que ir navegando por la carpeta filedir según indique el campo contenthash, ya que las rutas están 'hasheadas', es decir, codificadas.
Para ello mira el campo contenthash y cada dos dígitos indicarán una capeta, ejemplo:
Campo contenthash = 3f037e996dcf429699c9a3b2a65644c5b8bc21f2, para llegar al archivo, tendrá que navegar por la siguiente estructura de carpetas: /moodledata/filedir/3f/03 y el archivo que está presente en ese directorio será el archivo en cuestión."
Verifique las rutas con varios archivos en mi servidor y coincidieron, espero les sea de ayuda a todos. Saludos.