Ciao Dario,
come prima impressione si, mi sembra che tu ti stia complicando la vita . Se per l'iscrizione devi attendere il pagamento, immagino che qualcuno ti confermerà la ricezione di tale pagamento. A quel punto potrai iscrivere manualmente al corso la persona che ha pagato.
Per facilitare gli utenti e il processo di iscrizione al corso, nella descrizione del corso accessibile a tutti, puoi inserire la descrizione della procedura (creazione account, pagamento, email del gestore al quale inviare la copia del bonifico, eccetera). Semplice e funzionale.